Introducción: Los métodos no-invasivos para el diagnóstico de  Helicobacter pylori, son una alternativa útil en los estudios clínico-epidemiológicos y de prevención contra el cáncer gástrico. Debido a la carencia de métodos estandarizados a partir de antígenos autóctonos nos propusimos, el diseño de una estrategia de extracción y obtención de antígenos inmunorreactivos a sueros de pacientes infectados por H. pylori. Materiales y métodos: Dos cepas de H. pylori, una aislada de paciente cubano (196A) y  una cepa de referencia ATCC 43504, se cultivaron en medio líquido y se sometieron  a un fraccionamiento por ultracentrifugación diferencial. A las fracciones se les determinó la concentración de proteínas y se les realizó una electroforesis en gel de poliacrilamida SDS-PAGE. Los extractos se transfirieron a membrana de nitrocelulosa para la detección de antígenos frente a sueros controles. Resultados: El método de extracción por ultracentrifugación optimizó la resolución de las proteínas y permitió separarlas según su localización subcelular. Las cantidades de proteínas fueron superiores para las fracciones periplasma y extracelular. Se pudo constatar el reconocimiento diferencial de varias proteínas provenientes de la cepa autóctona, cuyos pesos moleculares de 55kDa (fracción extracelular), 98, 71 y 19kDa (periplasma), 134kDa (citoplasma) y 149kDa (membrana externa) no se detectan en las fracciones de la cepa de referencia. Conclusiones: Esta investigación permitió el establecimiento de una metodología para la obtención de fracciones celulares antigénicas, especialmente la fracción de periplasma y membrana externa donde se encuentran las proteínas más inmunorreactivas, las cuales  podrían ser empleadas como mezclas antigénicas  en el diagnóstico de la infección por H. pylori.